刪除對話紀錄最嚴重之後果為：一經檢察官或法院認定有滅證之事實，得作為聲請羈押之理由之一。
刑事訴訟法第 101 條第 1 項第 2 款規定，被告經法官訊問後，認為犯罪嫌疑重大，而有事實足認為有湮滅、偽造、變造證據或勾串共犯或證人之虞，非予羈押顯難進行追訴、審判或執行者，得羈押之。
於過往案件中，確曾出現因刪除對話紀錄而遭認定有滅證之虞，因而受羈押之情形。
此點值得特別強調，因為多數人於刪除對話時，所想者為「這樣就沒有證據了」，全然未意識到刪除此一行為本身，可能帶來較被刪除之內容更為嚴重之後果。
一、刪除通常達不到預期效果
現代人之通訊多透過通訊軟體進行，而此類紀錄之一項基本特性為：其同時存在於雙方之裝置上。
當事人刪除自己一端之紀錄，他造一端仍然完整保留，並得隨時提出。此外，已刪除之內容仍有透過數位鑑識還原之可能，雲端備份亦可能保有紀錄。
當事人付出了遭認定滅證之風險，卻多半未換得任何實質效果。
二、更常被忽略的是：刪除會傷及自己
此為實務上更值得注意、卻極少被提及之一點。
通訊軟體上之往來內容通常數量龐大，其中必然同時包含對己不利與對己有利之部分。全數刪除固然可以除去不利之內容，但亦會將有利之內容一併除去。
而於多數情況下，對話之完整脈絡對被告是有利的——因為告訴人所提出者，往往是經過挑選之片段。當僅有片段存在時，該片段即為全部；當完整紀錄存在時，片段始有機會被放回其原本之位置理解。
更關鍵者為時序問題。於當事人尚未前往警局或地檢署製作筆錄之前，其實尚不清楚告訴人究竟主張何等事實、指控者為哪一日、哪一段時間、哪一項行為。此時擅自刪除，等同於在不知題目之情況下先行銷毀答案。
待當事人終於知悉他造之主張，發現某段對話恰可推翻該項指控時，該段對話已不復存在。此種情形於實務上並不少見，且無從補救。
三、必須說明的一件事
在此必須再三強調：律師不得建議或教唆當事人刪除對話紀錄。
此非保守之說法，而係執業倫理與法律之明確界線。任何提出此類建議之人，均非在保護當事人。
四、正確的作法
- 完整備份，保持原貌，不編輯、不擷取、不刪除。
- 備份時儘可能保留時間資訊與完整脈絡。
- 將備份提供予律師，由具備全案資訊之人判斷何等內容具有意義。
- 於尚未釐清他造主張之前，不對任何內容作出處置。
判斷「何等紀錄重要」所需要者為專業評估，而評估之前提，是該等紀錄仍然存在。
關於對話紀錄在證據上如何被解讀、以及提出時應注意之事項，另見〈對話紀錄的雙面性：有利與不利事證的界線〉。